Suomen Judoliiton hallitus koostuu liiton syyskokouksen valitsemasta puheenjohtajasta, varapuheenjohtajista ja hallituksen jäsenistä. Hallituksen tehtävät on määritelty yhdistyksen säännöissä ja se johtaa Suomen Judoliiton toimintaa strategian ja toimintasuunnitelman mukaisesti.